Quienes lo conocieron en el Hospital Policlínico, lugar en el que Favaloro realizaría sus prácticas a partir del tercer año de su carrera, coincidían en que tenía un trato y una dedicación admirable con los pacientes que le tocaba atender.

Favaloro regresó a la Argentina en 1971, con una idea muy bien elaborada: desarrollar un centro de excelencia similar al de la Cleveland Clinic, que combinara la atención médica, la investigación y la educación. Al mismo tiempo comenzó a operar en el Sanatorio Güemes de la Capital Federal, donde el doctor Luis de la Fuente, era el experto en cardiología clínica y en la incipiente cardiología invasiva.

Finalmente, en 1992, se concretó el sueño de Favaloro: fue inaugurado en Buenos Aires el Instituto de Cardiología y Cirugía Cardiovascular de la Fundación Favaloro, una entidad sin fines de lucro. Con el lema «tecnología de avanzada al servicio del humanismo médico» comenzó a brindar servicios calificados en cardiología, cirugía cardiovascular y trasplante cardíaco, cardiopulmonar, hepático, renal y de médula ósea.